18 марта 1614 года царь Михаил Фёдорович даровал донским казакам первое в истории Дона царское знамя.
Знамя представляло собой красное полотнище с лазоревой опушкой. В центре его находился двуглавый орёл, в кайме надпись: «Повелением Государя, Царя и Великого Князя Михаила Феодоровича всея Руси Самодержца и при Его Государево сыне, при Благоверном Царевиче и Великом Князе Алексее Михайловиче, писано сие знамя на Дон Донским атаманом и казаком лета 7152, Августа в 27 день».
Второе царское знамя было пожаловано казакам Алексеем Михайловичем 25 сентября 1645 года вместе с похвальной грамотой за храбрость. Знамя было малинового цвета с зелёной каймой. На знамени также был вышит двуглавый чёрный орёл с московским щитком на груди. Известно, что Алексей Михайлович даровал донцам ещё одно знамя – в 1673 году за подвиги казаков на Азовском и Чёрном морях.
Четвёртое знамя донцы получили от царя Феодора Алексеевича в 1679 году. Оно было из лазоревой тафты с алыми каймами, вышитое золотом и серебром.
За несколько веков служения Российскому государству августейшие особы неоднократно жаловали знамёна Войску Донскому. Так, в период правления царя Петра I Алексеевича казакам было даровано знамя «за оказанную их во время войны со Шведами службу и для учиненного с короной Шведской вечного мира».
За подвиги казаков в Прусскую Семилетнюю войну императрицей Екатериной Алексеевной было даровано белое знамя с государственным гербом. Надпись на знамени гласила: «Крестом Твоим, Христе, хвалимся и Святое воскресение Твое поем и славим: Ты бо еси Бог наш, в Троице Святей славимый».
Сразу несколько знамён было пожаловано Войску Донскому в период Наполеоновских войн. Одно из них – белое знамя, с изображением двуглавого орла в золотом щите, обвитом пальмовыми и масличными ветвями и лентой ордена святого Георгия – было даровано казакам за год до вторжения Наполеона в Россию за подвиги во время Второй французской войны в Пруссии, в которой участвовало тринадцать донских полков.
Окончательный разгром Нополеоновской Франции также стал поводом для вручения в 1817 году Войску Донскому Георгиевского знамени. Надпись на нём гласила: «Верноподданному Войску Донскому, в ознаменование подвигов, оказанных в последнюю Французскую войну в 1812, 1813 и 1814 годах».
На протяжении всего XIX века Георгиевские знамёна вручались донцам неоднократно. Так, в 1870 году донцам было даровано Георгиевское знамя по случаю трёхсотлетия Войска Донского, а последним из высочайше пожалованных знамён стало Георгиевские знамя «за отличие в Турецкую войну 1877 и 1878 годов», врученное 30 августа 1879 года.
В 2011 году традиция вручения главой государства знамён казачьим войскам была восстановлена: 7 декабря атаману Всевеликого войска Донского в Георгиевском зале Московского Кремля было вручено Войсковое знамя.